Grâce au filtre PHP, les utilisateurs ayant les autorisations nécessaires peuvent inclure du code PHP personnalisé à l'intérieur d'une page du site. Alors que c'est une fonction puissante et flexible, elle comporte un risque de sécurité important et dangereux si elle se retrouve entre les mains d'utilisateurs malveillants. Même un utilisateur de confiance peut accidentellement compromettre le site en entrant du code PHP mal formé ou incorrect. Seulement les utilisateurs ayant le plus haut degré de confiance devraient obtenir le droit d'utiliser le filtre PHP, et tout code PHP ajouté à partir du filtre PHP devrait être examiné avec soin avant son utilisation.